OmniPlan は Microsoft Project と互換性があります。 また常にその互換性を向上させる努力をしていますが、いくつか注意していただきたいことがあります。 タスクグループへの割り当て — Microsoft Project では、リソースをタスクのグループに割り当てることができます。OmniPlan では、グループ自体ではなく、そのグループ内のすべてのタスクにリソースが割り当てられます。このため、タスクグループに割り当てられた項目がある Microsoft Project ドキュメントを読み込むと、リソースの割り当てが読み込まれなかったことを知らせる警告が制約違反の列に表示されます。
効率 — Microsoft Project では、OmniPlan でいうところの 効率 と呼ばれるリソースの属性に対応していません。
均等でない割り当て — Microsoft Project では、タスクに 2 つ以上のリソースを割り当てる場合、各リソースごとに稼動時間を何時間にするかを設定することができます。特に指定しない場合は、各リソースにはそのタスクができるだけ早く完了するように稼動時間が割り当てられます（このときスケジュールとリソースの割り当て単位が考慮されます）。OmniPlan では、常に上記の自動算出方法が用いられます。ですから、あるタスクに割り当てたれたリソースに稼動時間が設定されている場合、OmniPlan と Microsoft Project では稼動時間の合計が異なる結果になる場合があります。
Unicode 文字 — Microsoft Project MPX ファイル形式は Unicode 文字エンコーディング標準に対応していません。 日本語などの Unicode 文字を使用している OmniPlan 書類を書き出す場合は、より新しい Microsoft Project XML または MPP ファイル形式を利用する必要があります。